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“既然你有这个想法,也有这个能力,那我就给你指条路。”
陈志华转身走到书架前,手指在一排排大部头中滑过,最终停在了一本深蓝色封皮的厚重书籍上。
他抽出这本书,郑重地递给徐辰。
“这本书,你应该会感兴趣。”
徐辰接过一看,封面上印著一行烫金的中文標题:
《系统生物学:重构网络的属性》——伯恩哈德·帕尔森著
““这是代谢网络重构领域的『圣经。”
陈志华抚摸著书脊,语气中带著一丝敬畏,“帕尔森教授是加州大学圣地亚哥分校的泰斗,也是『约束派的掌门人。
他用极其严谨的数学语言,將细胞內成千上万个生化反应,抽象成了一个巨大的化学计量矩阵。”
“在这本书里,生物学不再是描述性的,而是变成了线性代数和凸分析。
他把细胞看作一个受热力学约束的黑箱,只要输入底物,就能算出理论上的最大產出。”
陈志华看著徐辰,眼神变得锐利起来:
“但是,帕尔森的方法更多是基於『约束的静態分析,它告诉了我们细胞『能做什么,却很难告诉我们细胞『正在做什么。”
“现在的代谢研究,虽然画出了很多漂亮的通路图,但那只是静態的地图。
就像你手里有一张北京地图,你知道从故宫到鸟巢怎么走,但你不知道现在三环上堵不堵车。”
“生命是动態的交通流。
堵车会在哪里发生?如果封锁一条路,车流会怎么改道?如果拓宽一条路,整个城市的交通效率会提高多少?”
陈志华顿了顿,又从桌上拿起另一本略显陈旧的书——海因里希和舒斯特合著的《细胞系统的调控》。
“这本书代表了欧洲的『动力学派。
它讲的是代谢控制分析(mca),它用微分方程来描述酶的动力学,试图追踪每一个分子的运动轨跡。
但它很难处理大规模的网络拓扑。”
陈志华將两本书叠在一起,推到徐辰面前,发出了沉重的碰撞声。
“现在的困境在於,搞拓扑的人手里拿著地图,却不知道路况;搞动力学的人盯著红绿灯,却在庞大的迷宫里迷了路。”
“这两派人吵了几十年,谁也说服不了谁。”
“如果你能结合你的数学优势,用拓扑动力学的视角,把这两本书的內容打通。
用微分方程去驱动那个庞大的拓扑网络,找到那个牵一髮而动全身的『关键节点……”
陈志华的声音微微颤抖,仿佛看到了一个全新的领域正在徐辰手中诞生。
“那你就是掌握了细胞命运的『调度员。
你不再是观察生命,而是在编程生命。”
徐辰看著面前这两本沉甸甸的经典著作,手指轻轻拂过封面。
一本拓扑代表著网络的骨架,一本动力学代表著流动的血液。
將两者融合,赋予静態的网络以动態的生命。
这正是他想要挑战的。
……
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